Mientras el comandante José Fernández de Santillán supervisaba la carga de los barcos, el almirante Wager de Inglaterra partió hacia el Caribe con cuatro buques de guerra. Cuando finalmente llegaron a la costa colombiana, anclaron frente a la isla de Pequena Barú, a unas 18,6 millas de Cartagena, para reabastecerse.
Su presencia fue detectada por los españoles y se envió un mensaje al comandante José, alertándolo de la presencia del enemigo. Sin embargo, la temporada de huracanes estaba casi sobre ellos, y el comandante no pudo demorar la partida de sus naves, e inició el largo viaje con la fortuna a Europa, deteniéndose en Cartagena.
El 8 de junio, los marines pasaron la noche en Barrow Island. No fue hasta el día siguiente que se vieron acercarse cuatro buques de guerra británicos. Siguió una batalla, que continuó hasta la noche, cada barco disparando cañones al otro. El primero de los barcos españoles, el San Joaquín, escapó durante la noche. Un segundo desastre ocurrió cuando su polvorín explotó luego de un tiroteo que duró más de una hora, el San José. Comenzó a hundirse rápidamente y solo sobrevivieron 11 miembros de la tripulación de 600. Finalmente, se capturó un tercer barco, el Santa Cruz, pero transportaba muy poca carga, la mayor parte en el San Joaquín y el San José, ahora hundidos en las profundidades del océano.
El cargamento, que se pensaba que valía más que el ingreso nacional bruto de España en ese momento, se estima que tiene un valor de hasta $ 17 mil millones en dinero de hoy. El gran valor del naufragio le valió el nombre de «Santo Grial de los naufragios».
Naturalmente, se produjo otra batalla por el contenido del barco. En la década de 1980, un grupo de inversionistas estadounidenses afirmó haber descubierto un naufragio frente a las costas de Colombia, pero el país se negó a ofrecer una participación del 65 %/35 % y negó al grupo el permiso para realizar una operación de recuperación total. Siguieron varios casos judiciales y, finalmente, Galeón declaró la propiedad de Colombia.
El 27 de noviembre de 2015, el galeón fue finalmente encontrado por la Armada de Colombia, aunque el presidente de Colombia, Juan Manuel Santos, no anunció el hallazgo hasta el 5 de diciembre. Y en junio de 2022, el ejército colombiano publicó increíbles imágenes submarinas del barco. Los expertos estiman que se cargaron 200 toneladas de tesoro.
El video revela todo, desde lingotes, cañones antiguos y porcelana y cerámica china intacta. Las imágenes compartidas por el ejército colombiano fueron capturadas por un sumergible operado a distancia que se sumergió a una profundidad de casi 0,6 millas. El gobierno se niega a revelar la ubicación exacta del barco, ya que se considera un secreto de estado.
El submarino de la Armada también encontró otros dos naufragios, ambos en las cercanías, uno de un barco colonial y el otro de una goleta, que se cree datan de la guerra de 1819 por la independencia de Colombia de España.
“Ahora hay otros dos descubrimientos en la misma zona que muestran otras opciones para la arqueología. Por lo tanto, el trabajo recién comienza”, dijo el comandante de la Armada, el almirante Gabriel Pérez.
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